Die beiden Wörter unterscheiden sich in dem Konsonanten in der Mitte des Wortes: In "Flüge" ist es ein stimmhafter Verschlusslaut "g"; in "Flüche" der sogenannte 'ich-Laut'.
Die Buchstabenkombination "ch" repräsentiert also einen einfachen Laut. Allerdings ist dem Schriftbild alleine nicht zu entnehmen, welchen Laut. Denn das "ch" steht auch für den sog. 'ach-Laut' wie in dem Wort "flach". Der ach-Laut wird weiter hinten Mundraum gebildet als der ich-Laut. Der Vokal davor bestimmt in den meisten Fällen, welcher der beiden Reibelaute gesprochen wird.
Anmerkung am Rande: Die Buchstabenkombination "ch" kann auch einen k-Konsonanten repräsentieren; denken Sie z. B. an das Wort "Chor".